【CUDA】cudasw++

cudasw++とはSmith-Watermanのcudaライブラリ．ここ
debian5.0，cuda3.1の環境にダウンロードしたファイルを展開．
そのディレクトリ内でmakeを行う．


$  tar xvf cudasw++v2.0.1.tar
$  make


すると以下のようなエラーが
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nvcc -O3 -use_fast_math -arch sm_13 -maxrregcount 85 --ptxas-options=-v  -I /usr/local/cuda/include -I. -I ~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/common/inc/ -o cudasw CFastaFile.o CParams.o GenericFunction.o CFastaSW.o CFastaSWVec.o CFastaSWScalar.o CSearch.o CSearchVec.o CSearchScalar.o CSearchMGPUVec.o CSearchMGPUScalar.o main.o -L ~/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C//lib -lcutil -lm
/usr/bin/ld: cannot find -lcutil
collect2: ld returned 1 exit status
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cutilライブラリがないと怒られる．

cutilライブラリはCUDA SDKのC/lib内に存在するので，lsで見てみると．

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libcutil_x86_64.a  libparamgl_x86_64.a  librendercheckgl_x86_64.a

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このlibctil_x86_64.aをlibctil.aにし，cudasw++のコンパイルを行うと上手くいく．

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$  cp libctil_x86_64.a libctil.a

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(cudasw++/Makefileの「NVCCLIBS = -L $(SDK_COMMON_LIB_DIR)/lib -lcutil -lm
」を「NVCCLIBS = -L $(SDK_COMMON_LIB_DIR)/lib -lcutil_x86_64 -lm
」に変更するほうが良いと思う．)